Le temple d'Aphaïa est installé au sommet d'une colline où on rendait, à partir du 13e siècle avant notre ère, un culte à une divinité féminine, voire une déesse-mère. Aphaïa est identifiée à la nymphe crétoise Britomartis par Pausanias et Antoninus Liberalis. Elle aurait été fille de Leto et donc demi-sœur d'Apollon et Artémis. Elle faisait partie de la suite de cette dernière qui veillait sur elle. On lui attribue l'invention des filets pour la chasse. Très belle, elle fut sans cesse poursuivie par les hommes : Minos d'abord puis un pêcheur éginète. Britomartis en appela à sa demi-sœur et protectrice qui la fit disparaître : elle devint Aphaïa, l’Invisible. Le temple serait construit à l'endroit de sa disparition.
